樟树市境古属扬州，自西周至春秋战国先后属吴、越、楚。

秦始皇二十六年（前221年），始建新淦县，治于淦阳（今樟树市城区）。

西汉分属新淦、建成、宜春3县。东汉中平二年（185年），析宜春县置汉平县（治所在今樟树市中洲乡门楼里之古吴平圩），市境分属新淦、建城、汉平。

三国改汉平县为吴平县。

唐武德五年（622年），以樟树西南境太平圩（今昌傅镇境内）为县治，置始平县。武德七年（624年），废始平县入新渝县，市境分属高安、新渝、新淦县。

五代南唐昇元二年（938年），划出新淦县以北地区，另拨新淦县的崇学乡和高安县的建安乡、修德乡在萧滩镇（宋改称临江镇）建清江县（袁赣二水汇流萧滩，江水清澈，以水名县）。

北宋淳化三年（992年），割清江县、新淦县、新喻县置临江军，军治所设临江镇，清江为倚郭望县。北宋治平三年（1066年），割新淦茂才乡、新喻思贤乡隶清江县，县境由3乡增至5乡。

1949年6月19日，在樟树镇建立清江县人民政府（是年7月15日迁临江镇，1950年3月27日又迁回樟树镇）。

1988年10月26日，撤销清江县，设立樟树市。